Hola, Roberto!

Disculpa que no te haya respondido antes, pero estuve muy atareado y siempre voy postergando.

Veo que el problema que tienes es que si en Herramientas > Numeración de capítulos dices que el nivel 1 no tiene numeración, los subniveles no los numera correctamente.

Mira, es muy fácil de solucionar, con un pequeño rodeo:

1. crea un estilo de carácter "invisible". Para ello, simplemente abre el estilista con Formato > Estilo y Formato, selecciona el segundo botón de la fila superior (Estilos de carácter) y en un espacio vacío de la lista, haz clic derecho > Nuevo. En ese estilo al que denominarás "invisible" simplemente actívale color de fuente blanco (en la pestaña Efectos de Fuente)
2. en Herramientas > Numeración de Capítulos, selecciona el nivel 1 y asígnale Estilo de carácter: invisible. Verás que ya desaparece el número, tan sólo en los encabezados de primer nivel.
3. para corregir el desplazamiento que provoca el número de capítulo invisible, en Herramientas > Numeración de Capítulos, ve a la pestaña Posición y al nivel 1 le puedes asignar una sangría negativa (depende del tamaño de fuente que uses, pero generalmente el valor de -0,65cm te funcionará muy bien).

Espero que te sea de utilidad.

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"Sólo el conocimiento nos hace libres"